1941-yil 22-iyunda Germaniyaning fashist qo‘shinlari xoinlik bilan Sovet Ittifoqi chegaralariga bostirib kirdilar. Sovet xalqining nemis-fashist bosqinchilariga qarshi urushi boshlandi.
   Lenin nomidagi Toshkent piyodalar bilim yurti frontga yuborilayotgan ofitserlar tarkibini to‘ldirish, bo‘linmalarni shakllantirish, alohida o‘qotar brigadalar tuzish va qo‘mondon kadrlarni jadal tayyorlash markazi bo‘lgan.
      1941-yil iyun oyida o‘quv dasturi bo‘yicha leytenantlarning urushdan oldingi navbatdagi bitiruvi bo‘lib o‘tdi. Bilim yurtini tashkil topgan paytdan boshlab 1941-yilgacha bir necha ming piyodalar komandirlari, otliq askarlar, artilleriyachilar va o‘rta darajadagi siyosiy xodimlar tamomladi.
        Bu piyodalar komandirlarining birinchi harbiy bitiruvi edi. Doimiy shtatdagi ofitserlar hamrohligida bitiruvchilar guruhlari o‘qchi qismlarni to‘ldirish uchun frontga ketdilar.Ularning ko‘pchiligi 1941-yil iyun-iyul oylarida 310-,312- (196 kishi), 314- (196 kishi) va 316-o‘qchilar bo‘linmalariga turli rahbarlik lavozimlariga yuborilgan. Harbiy qismlar va tuzilmalar yosh ofitserlardan tashqari yana jangovar bo‘linmalar ofitserlari – bilim yurti komandirlari va o‘qituvchilari bilan to‘ldirildi.
       1941-yil oktabr-noyabr oylarida O‘rta Osiyo harbiy okrugida ularni Moskva yaqinidagi shiddatli janglarga jo‘natish uchun bilim yurtidan 34- va 35-alohida kursantlar brigadalari tuzildi.
       Bilim yurti tezkor olti oylik ofitserlar tayyorlash dasturiga muvofiq, urushning dastlabki davrida armiya uchun olti mingdan ziyod ofitser kadrlarni tayyorladi, shu jumladan 1941-yil oktabr oyida tank qo‘shinlari uchun bir guruh ofitserlarni hamda milliy kavaleriya qismlari uchun mahalliy millat vakillaridan bir guruh ofitserlarni tayyorladi.
     Umuman olganda, 1941-1945 fashizmga qarshi urush yillarida bilim yurtida 25 marta bitiruv o‘tkazilib, 8 mingdan ziyod ofitser kadrlar tayyorlab berildi. Ikkinchi jahon urushi va urushdan oldingi davrgacha bo‘lgan qahramonliklar uchun bilim yurtinining minglab kursantlari va bitiruvchilari orden va medallar bilan taqdirlanganlar.
     Bilim yurtini 50 dan ortiq bitiruvchilari Sovet Ittifoqi Qahramoni degan yuksak unvonga sazovor bo‘lganlar, ularning ko‘plariga unvonlar vafotidan keyin berilgan.